肝内胆管结石的并发症多而常见。根据统计，有约40％的病人有一种或多种术前并发症，约5％的病人有术后并发症，具体为：

　　()梗阻性并发症 主要为胆红素逆流入血液中产生黄疸，血中胆汁酸刺激皮肤产生瘙痒，免疫力下降，容易并发感染以及腹泻、伤口出血不易停止等。

　　(2)感染性并发症 主要为重症胆管炎，已有单独章节讨论，此处不详述。

　　()肝胆管狭窄 表现为胆管壁增厚，管腔变细，病变肝脏萎缩，相应的正常肝脏代偿性肥大，此并发症几乎是其他所有并发症的根源，治疗最为困难。

　　(4)肝萎缩与肝纤维化 这是由于胆管炎症的反复发作，波及供应肝脏的血管，血管腔闭塞使肝组织无营养而纤维化及萎缩。

　　(5)胆汁性肝硬化和门静脉高压症 为阻塞性黄疸引起，肝脏呈深绿色，并有腹水及门静脉支曲张的表现。

　　()慢性肝内胆管积脓 系由于梗阻因素未能完全解除，遗留下的炎症发展而来。

　　(7)肝外并发症 如肾功能衰竭，心功能衰竭及呼吸功能衰竭，中枢神经系统损害，胃肠道出血等。

　　()肝内胆道出血。

　　(9)肝胆管癌。

　　(0)肝炎性肉芽肿。

　　()营养不良表现如贫血、消瘦等。

　　上述的大部分并发症，如不及时处理，都可能危及生命。但早期治疗后，部分病变可以治愈。